Nowa liga została zainaugurowana po reorganizacji trzeciego poziomu rozgrywek piłkarskich w Niemczech (w miejsce dwóch regionalnych grup Regionalligi utworzono jedną grupę nowej 3. Ligi), zaś od 2008 roku Regionalliga będzie czwartym poziomem rozgrywek piłkarskich w Niemczech. Wcześniej (w latach 1994-08) trzecią klasą rozgrywkową była Regionalliga. Rozgrywki toczyły się w trzech grupach: Nord (Północ), West (Zachód) oraz Süd (Południe) i występowało w nich łącznie 54 drużyny.
Po zakończeniu sezonu mistrzowie każdej grupy awansowali bezpośrednio do 3. Ligi, zaś najsłabsze drużyny z każdej grupy spadały do Oberligi.
FSV Ludwigshafen-Oggersheim spadł do Verbandsligi 2009/10 (nie otrzymał licencji na grę w Regionallidze 2009/10 i w następnym sezonie będzie występował w Verbandslidze Südwest – szósty poziom rozgrywek), dzięki czemu Wormatia Worms utrzymała się w Regionallidze.
SpVgg Bayreuth (mistrz Bayernligi) nie otrzymał licencji na grę w Regionallidze Süd i w sezonie 2008/09 będzie nadal występował w Bayernlidze, dzięki czemu SpVgg Unterhaching II awansował do Regionalligi (FC Memmingen (6 miejsce), TSG Thannhausen (7 miejsce) oraz SpVgg Weiden (8 miejsce) także nie otrzymali licencji na grę w Regionallidze Süd w sezonie 2008/09).
SpVgg Unterhaching II i TSV Großbardorf spadły do Oberligi 2009/10.
Viktoria Aschaffenburg spadła do Oberligi 2009/10 (nie otrzymała licencji na grę w Regionallidze 2009/10, dzięki czemu Karlsruher SC II utrzymał się w Regionallidze.